Ủy ban xử lý các đơn khiếu kiện được nộp cho mình theo các thủ tục: Rules of Procedure Lưu trữ 2004-10-12 tại Wayback Machine.Đơn khiếu kiện có thể do các nước thành viên, các tổ chức phi chính phủ hay các cá nhân nộp cho Ủy ban. Không giống như hầu hết các hồ sơ tòa án, các đơn khiếu kiện là những tài liệu bí mật và không được công khai. Đơn khiếu kiện phải đáp ứng ba yêu cầu:

• đã từng thử các biện pháp giải quyết ở trong nước mà không thành công
• đơn phải được nộp trong vòng 6 tháng sau khi thử biện pháp giải quyết cuối cùng theo hệ thống trong nước (mà thất bại)
• đơn không được nộp trước một tòa án khác (trùng lặp thủ tục).

Khi đơn đã được nộp, sẽ tiến hành các thủ tục sau:

• Đơn được chuyển tới Ban thư ký để xem xét lại đã đầy đủ chưa – nếu đã đủ các chi tiết theo yêu cầu –thì đăng ký vào sổ và ghi số (hồ sơ). Đây là nơi nhà nước được thông báo về đơn khiếu kiện.
• Đơn được xem xét lại xem có thể được chấp nhận (hay không).
• Ủy ban cố gắng tìm cách hòa giải thân thiện.
• Nếu không đạt được thỏa thuận, thì mỗi bên sẽ nộp bản trình bày lý lẽ của mình trên lẽ phải trái của vụ án.
• Sau đó Ủy ban lập một báo cáo về lẽ phải trái của vụ việc, được biết đến như là một báo cáo Điều 50 từ điều khoản của Công ước có liên quan. Đây cơ bản là một quyết định của Ủy ban với các khuyến nghị về cách giải quyết cuộc tranh chấp. Báo cáo Điều 50 được gửi đến nhà nước liên quan. Đây là một báo cáo mật, bên nguyên đơn không có được một bản sao đầy đủ của báo cáo này.
• Nhà nước có thời hạn 2 tháng để thi hành các khuyến nghị của báo cáo.
• Người khởi kiện sau đó có một tháng để nộp đơn yêu cầu đưa vấn đề này ra Toà án Nhân quyền liên Mỹ (chỉ áp dụng nếu Nhà nước bị kiện đã công nhận thẩm quyền của Tòa án Nhân quyền liên Mỹ).
• Ủy ban Nhân quyền có thời hạn 3 tháng kể từ ngày gửi báo cáo Điều 50 cho nhà nước bị kiện, đê hoặc công bố báo cáo Điều 50 hoặc gửi hồ sơ vụ khiếu kiện sang Tòa án Nhân quyền liên Mỹ. Ngoài ra, Ủy ban cũng có thể chọn cách giám sát tình hình. Công ước châu Mỹ về Nhân quyền xác định rằng nếu báo cáo không nộp cho Tòa án trong vòng 3 tháng thì nó sẽ không được nộp trong tương lai, nhưng nếu Nhà nước yêu cầu nhiều thời gian hơn để thi hành theo khuyến nghị của báo cáo Điều 50, thì Ủy ban có thể cho phép với điều kiện là Nhà nước đó ký bản từ bỏ yêu cầu này.